关于军队保卫部门和监狱对特定刑事案件的侦查权，1979年刑事诉讼法未作规定。1996年修改刑事诉讼法时，在附则中对军队保卫部门和监狱对特定刑事案件的侦查权作出了规定，为他们依法办理相关的刑事案件提供了法律依据。增加这一规定，对于明确军队保卫部门和监狱在刑事诉讼中的法律地位，规范军队保卫部门和监狱对特定刑事案件的侦查活动，维护司法公正，具有重要意义。
2013年3月14日，全国人大通过了《国务院机构改革和职能转换方案》，为推进海上统一执法，提高执法效能，将国家海洋局及其中国海监、公安部边防海警、农业部中国渔政、海关总署海上缉私警察的队伍和职责整合，重新组建国家海洋局，由国土资源部管理。重组后的国家海洋局的主要职责是，拟订海洋发展规划，实施海上维权执法，监督管理海域使用、海洋环境保护等。国家海洋局以中国海警局名义开展海上维权执法，接受公安部业务指导。根据这一决定，中国海警局行使原公安边防海警、海关总署海上缉私警察的刑事执法权。
此后，中国海警局依法履行职权，侦查办理海上发生的案件，比如走私、毒品、偷越国（边）境、非法捕捞、破坏海洋资源等刑事案件，对于维护海上治安和安全，维护国家海洋权益，发挥了重要作用。
2018年，为了有效维护我国海洋权益，根据党的十九大和十九届三中全会精神，按照《深化党和国家机构改革方案》和党中央、中央军委关于武警部队改革的决策部署，海警队伍转隶武警部队，调整组建中国人民武装警察部队海警总队，对外称中国海警局，统一履行海上维权执法职责，行使公安机关、有关行政机关的相应执法职权。海警转隶后，由于其领导指挥体制、运行机制、协作关系等都将发生重大变化，2013年十二届全国人大一次会议审议通过的《国务院机构改革和职能转变方案》关于中国海警局履行海上维权执法职责的相关规定，以及刑事诉讼法、治安管理处罚法、渔业法、海关法、海域使用管理法、海洋环境保护法、海岛保护法、野生动物保护法等法律中关于海警队伍执行海上维权执法任务、行使公安机关和有关行政机关相应执法职权等的有关规定，需要作出调整修改，以适应重新调整组建的中国海警局履行维权执法职能，打击海上违法犯罪的需要。
为了保证机构改革方案的顺利完成，平稳有序调整法律规定的行政机关职责和工作，确保行政机关依法履行职责、开展工作，推进国家机构设置和职能配置优化协同高效，全国人大常委会于2018年4月27日通过了《关于国务院机构改革涉及法律规定的行政机关职责调整问题的决定》，明确规定，现行法律规定的行政机关职责和工作，《国务院机构改革方案》确定由组建后的行政机关或者划入职责的行政机关承担的，在有关法律规定尚未修改之前，调整适用有关法律规定，由组建后的行政机关或者划入职责的行政机关承担；相关职责尚未调整到位之前，由原承担该职责和工作的行政机关继续承担。
同时，为了保证海警队伍改革于法有据、稳妥推进，转隶后海上维权执法任务接续完成，考虑到改革任务较为紧迫，而法律修改的周期较长，2018年6月22日第十三届全国人民代表大会常务委员会第三次会议通过了《全国人民代表大会常务委员会关于中国海警局行使海上维权执法职权的决定》。
《决定》作了三个方面的规定：一是，明确中国海警局海上维权执法职责任务。
中国海警局履行海上维权执法职责，包括执行打击海上违法犯罪活动、维护海上治安和安全保卫、海洋资源开发利用、海洋生态环境保护、海洋渔业管理、海上缉私等方面的执法任务，以及协调指导地方海上执法工作。二是，明确中国海警局履行海上维权执法相应法定职权。
中国海警局执行打击海上违法犯罪活动、维护海上治安和安全保卫等任务，行使法律规定的公安机关相应执法职权；执行海洋资源开发利用、海洋生态环境保护、海洋渔业管理、海上缉私等方面的执法任务，行使法律规定的有关行政机关相应执法职权。
主要包括执行海上打击违法犯罪活动、维护治安和安全保卫等任务时，行使《刑事诉讼法》《治安管理处罚法》等法律规定的公安机关相应执法职权；执行海洋资源开发利用、海洋生态环境保护、海洋渔业管理、海上缉私等方面执法任务时，行使《渔业法》《海关法》《海域使用管理法》《海洋环境保护法》《海岛保护法》《野生动物保护法》等法律规定的有关行政机关相应执法职权。
《决定》还明确规定中国海警局与公安机关、有关行政机关建立执法协作机制。
三是，明确了制定和修改有关法律的要求。为了确保立法与改革紧密衔接，明确条件成熟时及时制定和修改完善中国海警局履行海上维权执法职责的现行有关
法律法规，提供更加完备的法律保障。条件成熟时，有关方面应当及时提出制定、修改有关法律的议案，依照法定程序提请审议。
《决定》自2018年7月1日起施行。在2018年修改刑事诉讼法征求意见过程中，有关方面和社会公众提出，为做好与《决定》的衔接，保障打击海上犯罪工作依法顺利开展，建议在刑事诉讼法中增加相应规定，明确中国海警局的侦查主体地位。
修改后的刑事诉讼法在附则中增加规定，中国海警局履行海上维权执法职责，对海上发生的刑事案件行使侦查权；中国海警局办理刑事案件，适用刑事诉讼法的有关规定。
本条共分四款。
第一款是关于军队保卫部门对军队内部发生的刑事案件行使侦查权的规定。
1979年刑事诉讼法未对军队保卫部门的侦查权作出规定。
1993年全国人大常委会通过的《关于中国人民解放军保卫部门对军队内部发生的刑事案件行使公安机关的侦查、拘留、预审和执行逮捕的职权的决定》规定：“中国人民解放军保卫部门承担军队内部发生的刑事案件的侦查工作，同公安机关对刑事案件的侦查工作性质是相同的，因此，军队保卫部门对军队内部发生的刑事案件，可以行使
宪法和法律规定的公安机关的侦查、拘留、预审和执行逮捕的职权。”
1996年修改刑事诉讼法时吸收了相关内容。根据本款的规定，军队保卫部门负责军队内部发生的刑事案件的侦查工作，其性质同公安机关对刑事案件的侦查是相同的，因此享有同公安机关相同的侦查权，包括拘留、执行逮捕、预审等职权以及讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、扣押物证、书证、鉴定等侦查手段。
这里所说的军队内部发生的刑事案件，主要是指军队现役军人、文职干部、在编职工犯罪的案件。军队现役军人、文职干部、在编职工在地方上作案的，也属于军队内部的刑事案件，由军队保卫部门侦查。
对于军队和地方互涉的案件，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、总政治部于1982年11月25日作出了《关于军队和地方互涉案件几个问题的规定》，1987年12月2l日又作出了《关于军队和地方互涉案件侦查工作的补充规定》。这些规定对军地互涉案件军队和地方的分工处理作了明确规定。
2012年刑事诉讼法修改后，最高人民法院、最高人民检察院、公安部等的
司法解释和规范性文件均明确要求军队和地方互涉刑事案件，按照有关规定确定管辖。
第二款是关于中国海警局履行海上维权执法职责，对海上发生的刑事案件行使侦查权的规定。
在刑事诉讼法中增加中国海警局行使侦查权的条款，使全国人大常委会的决定与刑事诉讼法相衔接，确保国家法律体系的统一，也符合当前国际上关于海上刑事侦查权的通行做法。
根据本款规定，中国海警局是履行海上维权执法职责，行使海上刑事案件侦查权的机关。对于在海上发生的刑事案件，包括走私、毒品、偷越国（边）境、非法捕捞、破坏海洋资源等刑事案件，可以依法行使侦查权。
海警局的侦查权性质上同公安机关对刑事案件的侦查是相同的，享有同公安机关相同的侦查权，包括拘留、执行逮捕、预审等职权以及讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、扣押物证、书证、鉴定等侦查手段。
刑事诉讼法是公安机关等在办理案件中的重要依据，海警局对海上发生的案件行使刑事侦查权的过程中，要严格遵守刑事诉讼法规定的各种制度和程序。
侦查终结后，海警局认为应当追究犯罪嫌疑人刑事责任的，应当写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送人民检察院审查起诉。
第三款是关于监狱对罪犯在监狱内犯罪的案件行使侦查权的规定。
1994年全国人大常委会通过的监狱法第六十条规定，对罪犯在监狱内犯罪的案件，由监狱进行侦查。
1996年修改刑事诉讼法时吸收了相关内容。
根据本款的规定，监狱对监狱内发生的刑事案件进行侦查，也享有公安机关侦查案件的职权，包括预审、讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、扣押物证、书证、鉴定等。侦查终结后，监狱认为应当追究犯罪嫌疑人刑事责任的，应当写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送人民检察院审查起诉。
第四款是关于军队保卫部门、中国海警局、监狱办理刑事案件适用本法有关规定的规定。
本款规定共包含两层意思：一是军队保卫部门、中国海警局、监狱办理刑事案件，享有本法规定的侦查刑事案件的职权，可以行使本法规定的侦查案件的权力；
二是军队保卫部门、中国海警局、监狱办理刑事案件，应当遵守本法关于侦查的有关规定，受本法有关规定的约束，如讯问犯罪嫌疑人时侦查人员不得少于二人；不得侵犯犯罪嫌疑人的诉讼权利；侦查实验，禁止一切足以造成危险、侮辱人格或者有伤风化的行为等。
当然，人民检察院对案件进行审查起诉、人民法院对案件进行审判过程中，在适用程序、证据审查和采纳、事实认定等方面，对军队保卫部门、中国海警局、监狱要与对公安机关一样，严格适用刑事诉讼法的有关规定。
